ALLBIO

A comprehensive search for tools, databases and services was conducted throughout the project,

focusing in particular on those relevant to animals, unicellular animals and plants,

and to those required for the completion of the test cases outlined in Working Package 1

Protein identification and characterization    
Identification and characterization with peptide mass fingerprinting data    
                 
FindMod                
FindPept                
Mascot                
PepMAPPER              
ProFound                
Protein Prospector              
Identification and characterization with MS/MS data        
                 
QuickMod                
Phenyx                
Mascot                
OMSSA                
PepFrag                
ProteinProspector              
Identification with isoelectric point, molecular weight and/or amino acid composition  
                 
AACompldent              
AACompSim              
Tagldent                
Multident                
Other prediction or characterization tools          
                 
ProtParam              
Compute pl/Mw              
PeptideCutter              
PeptideMass              
xComb                
xQuest                
SmileMS                
SmileMS molecule toolkit            
Other proteomics tools Glycotools          
                 
GlycanMass              
GlycoMod                
GlycospectrumScan              
Glycoviewer              
Other tools for MS data (vizualization, quantitation, analysis, etc.)      
                 
HCD/CID spectra merger            
MALDIPepQuant              
Msight                
plcarver                
Other tools for 2-DE data (image analysis, data publishing, etc.)      
                 
ImageMaster / Melanie            
MAKE2D-DB II              
DNA -> Protein              
                 
Translate                
Transeq                
Graphical Codon Usage Analyser            
BCM search laucher              
Reverse Translate              
Reverse Transcription and Translation Tool          
Genewise                
Similarity searches              
                 
BLAST at ExPASy              
BLAST at EMBnet-CH/SIB            
BLAST at NCBI              
BLAST at PBIL              
WU-BLAST at Borkęs group in EMBL          
WU-BLAST at EBI              
Fasta3                
MPsrch                
ProbSearch              
SAMBA                
SAWTED                
Scanps                
SEQUEROME              
SHOPS                
BLAST2FASTA              
Pattern and profile Searches            
                 
InterPro Scan              
MyHits                
ScanProsite              
HamapScan              
MotifScan                
ProDom                
Superfamily Sequence Search            
FingerPRINTScan              
3of5                
ELM                
PPSEARCH                
PROSITE Scan              
PATTINPROT              
SMART                
TEIRESIAS                
9aaTAD                
Post-translational modification prediction          
                 
ChloroP                
LipoP                
MITOPROT                
PATS                
PlasMit                
Predotar                
PTS1                
SignalP                
DictyOGlyc              
NetOGlyc                
NetGlycate              
NetNGlyc                
OGPET                
YinOYang                
big-PI Predictor              
GPI-SOM                
Myristoylator              
NMT                
CSS-Palm                
PrePS                
NetAcet                
NetPhos                
NetPhosK                
NetPhosYeast              
GPS                
Sulfinator                
SulfoSite                
SUMOplot                
SUMOsp                
TermiNator              
NetPicoRNA              
NetCorona              
ProP                
Topology Prediction              
                 
NetNES                
PSORT                
SecretomeP              
TargetP                
TatP                
DAS                
HMMTOP                
PredictProtein              
SOSUI                
TMHMM                
Tmpred                
TopPred                
Primary sturcture analysis            
                 
ProtParam              
Compute pl/Mw              
Scansite pl/Mw              
MW, pl, Titration Curve            
Scratch Protein Predictor            
HeliQuest                
Radar                
REP                
REPRO                
T-REKS                
TRUST                
XSTREAM                
SAPS                
Coils                
PairCoil                
PairCoil2                
Multicoil                
2ZIP                
ePESTfind                
HLA_Bind                
PEPVAC                
RANKPEP                
SYFPEITHI                
ProtScale                
Drawhca                
Peptide Builder              
Protein Colourer              
Three to One              
Three-/one-letter amino acid converter          
Colorseq                
PepDraw                
RandSeq                
Secondary structure prediction            
                 
AGADIR                
APSSP                
CFSSP                
GOR                
HNN                
HTMSRAP                
Jpred                
JUFO                
NetSurfP                
NetTurnP                
nnPredict                
Porter                
PredictProtein              
Prof                
PSA                
PSIpred                
SOPMA                
Scratch Protein Predictor            
DLP-SVM                
Tertiary Structure Analysis             
                 
iMolTalk                
MolTalk                
COPS                
PoPMuSiC                
Seq2Struct              
STRAP                
TLSMD                
TopMatch-web              
Tertiary Structure Prediction            
                 
SWISS-MODEL              
CPHmodels              
ESyPred3D              
Geno3d                
Phyre                
Fugue                
Hhpred                
LOOPP                
SAM-T08                
PSIpred                
HMMSTR/Rosetta              
Assessing tertiary structure prediction          
                 
Anolea                
LiveBench                
NQ-Flipper              
PROCHECK              
ProSA-web              
QMEAN                
What If                
Quanternary structure            
                 
MakeMultimer              
EBI PISA                
PQS                
ProtBud                
Molecular modeling and visualization tools          
                 
Swiss-PdbViewer              
SwissDock                
SwissParam              
Ascalaph Packages              
Astex Viewer              
Jmol                
MarvinSpace              
MolMol                
MovieMaker              
PyMol                
Rasmol                
SRS 3D                
VMD                
YASARA                
Prediction of disordered regions            
                 
DisEMBL                
GlobPlot                
MeDor                
POODLE                
Sequence aligment
Binary                
                 
LALIGN                
Dotlet                
Multiple                
                 
Decrease redundancy              
CLUSTALW              
KALIGN                
MAFFT                
Muscle                
T-Coffee                
MSA                
DIALIGN                
Match-Box              
Multalin                
MUSCA                
Alignment Analysis              
                 
AMAS                
Bork's alignment tools              
CINEMA                
ESPript                
MaxAlign                
PhyloGibbs              
SVA                
PVS                
WebLogo                
plogo                
GENIO/logo              
SeqLogo                
Phylogenetic Analysis              
                 
BIONJ                
DendroUPGMA              
PHYLIP                
PhyML                
Phylogeny.fr              
The PhylOgenetic Web Repeater (POWER)          
BlastO                
Evolutionary Trace Server (TraceSuite II)          
Phylogenetic programs            
Biological Text Analysis            
                 
AcroMed                
BioMinT                
GPSDB                
Medline Ranker              
The Miner Suite              
XplorMed                
Statistical tools              
                 
pROC                
Nucleic Acid Analysis
Calculators/Unitilies              
                 
4PEAKS                
BIOCALCULATORS (AGILENT)            
BIOMATH CALCULATORS            
DNA 2.0 BIOINFORMATICS TOOLBOX          
GenoCAD                
iPapers                
LabAssistant 1.1              
MARTINDALE’S BIOSCIENCE CALCULATORS ON-LINE CENTER      
PAPERS                
READSEQ SEQUENCE CONVERSION (EBI)          
REVERSE COMPLEMENTING A DNA SEQUENCE          
THE GENETIC CODES              
TRANSEQ                
TRANSLATE TOOL              
UNIVERSAL GENETIC CODE            
VIRTUAL RIBOSOME              
ANNO-J                
Exons and alternative Splicing            
                 
AGenDA: ALIGNMENT-BASED GENE DETECTION ALGORITHM      
ALTERNATIVE EXON DATABASE (EBI)          
ALTERNATIVE SPLICING AND TRANSCRIPT DIVERSITY        
ALTEXTRON (EBI)              
ALTSPLICE (EBI)              
ATDB: ALTERNATIVE TRANSCRIPT DIVERSITY DATABASE (EBI)      
AUGUSTUS              
CODON USAGE DATABASE            
CPGPLOT                
DEDB: DROSOPHILA MELANOGASTER EXON DATABASE        
EASYGENE                
ESEfinder: EXONIC SPLICING ENHANCER FINDER (CSHL)        
EuGENE’HOM              
EXON PAINTER              
FeatureExtact              
FrameD                
FUGOID: FUNCTIONAL GENOMICS OF ORGANELLAR INTRONS DATABASE    
GeneFizz                
GeneMark                
GENIE: GENE FINDER               
GENSCAN (MIT)              
GLIMMER: MICROBIAL GENE-FINDING SYSTEM          
H-DBAS: HUMAN-TRANSCRIPTOME DATABASE OF ALTERNATIVE SPLICING    
HMMGENE              
HS3D: HOMO SAPIENS SPLICE SITES DATASET          
JCAT: JAVA CODON ADAPTATION TOOL          
mGene.web              
NETGENE2                
NetPlantGene              
ORF FINDER (NCBI)              
ORPHELIA                
ProSAS: PROTEIN STRUCTURE AND ALTERNATIVE SPLICING DATABASE      
RESCUE-ESE: EXONIC SPLICING ENHANCERS          
SERpredict              
SHORT TANDEM REPEAT DNA DATABASE          
SLAM: WHOLE GENOME ANNOTATION OF HUMAN AND MOUSE      
SPLICEINFO              
SpliceNest                
SROOGLE: SPLICING REGULATION ONLINE GRAPHICAL ENGINE      
TACT: TRANSCRIPTOME AUTO-ANNOTATION CONDUCTING TOOL      
TACT: TRANSCRIPTOME AUTO-ANNOTATION CONDUCTING TOOL      
THE GENETIC CODES              
VIRTUAL RIBOSOME              
WASP: WEBSITE FOR ALTERNATIVE SPLICING PREDICTION        
Expressed sequence tags            
                 
dbEST: EXPRESSED SEQUENCE TAGS DATABASE          
ECGENE: EST CLUSTERING            
EDAS: EST-DERIVED ALTERNATIVE SPLICING DATABASE        
MGALIGN: mRNA TO GENOME ALIGNMENTS          
MIRA 2 EST SEQUENCE ASSEMBLER            
UNIGENE                
WEBGESTALT: WEB-BASED GENE SET ANALYSIS TOOLKIT        
Literature Gateaway              
                 
BIOMED CENTRAL: OPEN ACCESS            
BioMinT                
ENTREZ (NCBI)              
etBLAST                
GOOGLE SCHOLAR              
GOPUBMED              
HUBMED: PUBMED REWIRED            
IHOP: INFORMATION HYPERLINKED OVER PROTEINS        
LitInspector (Genomatix)            
LITMINER                
MedlineRanker              
NCBI EMAIL ALERTS              
NLM GATEWAY              
OLS: ONTOLOGY LOOKUP SERVICE            
PLOS: PUBLIC LIBRARY OF SCIENCE            
PUBCRAWLER              
PUBGENE                
PUBMATRIX              
PUBMED                
PUBMED CENTRAL              
SCIRUS                
SENT: SEMANTIC FEATURES IN TEXT            
SEQANALREF (EXPASY)              
Mirna Sequences and Targets            
                 
ASRP: Arabidopsis thaliana SMALL RNA PROJECT        
CROSSLINK              
DIANA-microT              
deepBase                
GeneSet2miRNA              
INSERT DESIGN TOOL (AMBION)            
MICROCOSM              
MicroInspector              
microRNA TARGETS              
miPRED                
miRacle                
MiRAlign                
miRanalyzer              
miRBASE REGISTRY (SANGER)            
miRBASE SEQUENCE DATABASE (SANGER)          
mirDEEP                
MiRNA TARGET SEARCH            
miRNAMap              
miRpredict              
MirZ                
MMIA: microRNA AND mRNA INTEGRATED ANALYSIS        
ProMiR II                
psRNATARGET              
RegRNA: REGULATORY RNA MOTIFS AND ELEMENTS FINDER      
RNA22 MICRORNA TARGET DETECTION (IBM)          
RNAhybrid              
smiRNAdb                
TARGETSCAN              
TargetScanS              
TransmiR                
ViTa: VIRUS miRNA TARGET            
Molecular Biology Protocols            
                 
BENCH GUIDE (QIAGEN)            
BIOTECHNIQUES® PROTOCOL GUIDE           
BIOWWW.NET              
COLD SPRING HARBOR PROTOCOLS          
JOVE: JOURNAL OF VISUALIZED EXPERIMENTS          
LINNEA™ PROTOCOLS              
NUCLEIC ACIDS RESEARCH METHODS          
Nucleic Acids Structure            
                 
3D-DART: 3DNA-DRIVEN DNA ANALYSIS AND REBUILDING TOOL      
3D-FOOTPRINT              
3DNALandscapes              
4SALE: RNA SEQUENCE ALIGNMENT AND EDITING        
bend.it® SERVER              
CENTROIDFOLD              
dbRES: DATABASE FOR RNA EDITING SITES          
DIAL: DIHEDRAL ALIGNMENT SERVER          
DINAMELT SERVER              
DNA mFOLD              
DNA TOOLs              
FASTR3D: FAST AND ACCURATE SEARCH TOOL FOR RNA 3D STRUCTURES    
NDB GALLERIES              
NDB: NUCLEIC ACID DATABASE            
ProNIT: PROTEIN-NUCLEIC ACID INTERACTIONS        
PROTEIN-RNA INTERACTION DATABASE          
RNA mFOLD              
RNA MODIFICATION DATABASE            
RNA NON-CANONICAL PAIR DATABASE          
RNAmine                
RNAVIZ                
SARA                
SSTRUCTVIEW              
TINOCO PLOT              
w3DNA                
WEB 3DNA              
Primer Design              
                 
ARRAY DESIGNER              
ASePCR: ALTERNATIVE SPLICING ELECTRONIC RT-PCR IN MULTIPLE TISSUES    
ASSEMBLY PCR OLIGO MAKER            
AUTODIMER              
CODEHOP: CONSENSUS DEGENERATE HYBRID OLIGONUCLEOTIDE PRIMERS    
D-LUX™ DESIGNER (INVITROGEN)            
DILUTIONCALCULATOR (IDT)            
DNA METHYLATION ANALYSIS PCR PRIMER DATABASE        
e-PCR: ELECTRONIC PCR            
GENE DESIGNER              
GENE2OLIGO               
GENEFISHER              
geNorm                
iCODEHOP: CONSENSUS DEGENERATE HYBRID OLIGONUCLEOTIDE PRIMERS     
IDT SCITOOLS (IDT)              
IN-SILICO PCR              
iRNAi                
LNA TOOLS              
methBLAST              
MethPrimer: METHYLATION PCR            
MULTIPLEX MANAGER              
muPLEX: MULTI-OBJECTIVE MULTIPLEX PCR DESIGN        
NormFinder              
OLIGOANALYZER (IDT)              
OLIGODESIGN              
OligoPerfect™ DESIGNER (INVITROGEN)          
PCR SUITE                
PDA: PRIMER DESIGN ASSISTANT            
PRIMACLADE              
PRIMEGENS: PRIMER DESIGN USING GENE SPECIFIC FRAGMENTS      
PRIMER -BLAST (NCBI)              
PRIMER BANK              
PRIMER DESIGN FOR AUTOMATED SEQUENCING        
PRIMER Z                
Primer3Plus              
PRIMERQUEST (IDT)              
primers4clades              
PRIMERSTATION              
PRIMERX                
probeBase: rRNA-TARGETED OLIGONUCLEOTIDE PROBES        
PROBEWIZ                
qPimerDepot: QUANTITATIVE REAL-TIME PCR PRIMER DATABASE      
QPPD: QUANTITATIVE PCR PRIMER DATABASE          
qPrimerDepot: QUANTITATIVE REAL TIME PCR (HUMAN)        
qPrimerDepot: QUANTITATIVE REAL TIME PCR (MOUSE)        
RESUSPENSION CALCULATOR (IDT)            
RTPrimerDB: REAL TIME PCR PRIMER AND PROBE DATABASE      
SCPrimer                
SNPbox                
SNPDesign               
TmPrime                
Uniprime: UNIVERSAL PRIMER DESIGN          
UniSTS                
VirOligo                
WEB PRIMER (SGD)              
Restriction site Mapping            
                 
ApE PLASMID EDITOR              
DOUBLE DIGEST FINDER            
ENZYME FINDER (NEB)              
EnzymeX                
everyVECTOR              
GeneCoder              
NEB CUTTER              
REBASE® (NEB)              
RESTRICTION ENZYMES AND METHYLASES          
Vector NTI ADVANCE® (Invitrogen)            
WEBCUTTER              
RNA Regulation              
                 
deepBase                
fRNADB: FUNCTIONAL RNA DATABASE          
GENE-SPECIFIC siRNA SELECTOR            
INSERT DESIGN TOOL (AMBION)            
NPInter                
RegRNA: REGULATORY RNA MOTIFS AND ELEMENTS FINDER      
RibEx: RIBOSWITCH EXPLORER            
RiDDLE                
RNAdb                
RNAi CONSORTIUM shRNA LIBRAY            
RNAi DESIGN (INTEGRATED DNA TECHNOLOGIES)        
RNAi EXPLORER™              
RNAmutants              
siDESIGN® CENTER (DHARMACON)            
siDIRECT                
siRNA AT WHITEHEAD              
siRNA DESIGN              
siRNA TARGET FINDER (AMBION)            
TROD: T7 RNAi OLIGO DESIGNER)            
Sequence Alignment              
                 
4SALE: RNA SEQUENCE ALIGNMENT AND EDITING        
3D-FOOTPRINT              
3DNALandscapes              
ACT: ARTEMIS COMPARISON TOOL            
bl2BLAST: BLAST 2 SEQUENCES            
BLink:BLAST LINK (NCBI)            
CENSOR                 
CIRCOS                
CORRELOGO              
DIALIGN 2                
ECR BROWSER              
GALAXY                
GALAXY SCREENCASTS              
GeneCoder              
HOMOLOGENE               
InterPro                
MEME/MAST              
MODEL MAKER (NCBI)              
NNDB: NEAREST NEIGHBOR DATABASE          
OrthoSelect              
PACDB: SEARCH BY GENOME ALIGNMENT          
PARALIGN                
PIPMAKER: PERCENT IDENTITY PLOT           
REPEATMASKER              
RevTrans                
RU: REPBASE UPDATE              
SERpredict              
SIB BLAST SERVER: SIMPLE IS BEAUTIFUL          
SPIDEY                
SPLIGN (NCBI)              
WAVIS: ALIGNMENT VISUALIZATION TOOLS          
WebGMAP              
Wise2                
zPICTURE                
Sequence Retrieval              
                 
CENSOR                
DDBJ: DNA DATA BANK OF JAPAN            
DNA PATENT DATABASE            
EMBL DOCUMENTATION            
ENTREZ GENE (NCBI)              
ENTREZ GLOBAL QUERY            
ENTREZ: ACCESS TO NCBI DATABASES          
FASTA/SSEARCH/GGSEARCH/GLSEARCH          
FRAME-PROFILESCAN SERVER            
GENBANK®               
GENECARDS®              
GENOMENET              
INTERNATIONAL NUCLEOTIDE SEQUENCE DATABASE COLLABORATION      
NCBI SITE MAP              
NCBI: NATIONAL CENTER FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION      
PATOME DB: DATABASE OF ISSUED AND PUBLISHED BIOLOGICAL SEQUENCES    
SEQUIN                
SRS@EMBL-EBI              
TELOMERASE DATABASE            
Transcription factors and bindning sites          
                 
AGRIS: ARABIDOPSIS GENE REGULATORY INFORMATION SERVER      
AthaMap                
CEAS: CIS-REGULATORY ELEMENT ANNOTATION SYSTEM         
CisMols ANALYZER: Cis- REGULATORY MODULES        
cisRED: GENOME-WIDE REGULATORY MODULE AND ELEMENT PREDICTIONS    
CLUSTER BUSTER              
CONREAL: CONSERVED REGULATORY ELEMENTS ANCHORED ALIGNMENT    
CONSITE                
DATF: DATABASE OF Arabidopsis TRANSCRIPTION FACTORS        
DBD: TRANSCRIPTION FACTOR PREDICTION DATABASE        
DiRE: DISTANT REGULATORY ELEMENTS OF CO-REGULATED GENES      
HOMEOBOX PAGE              
HOMEODOMAIN RESOURCE            
HOX-PRO                
HTPSELEX DATABASE              
INCLUSive                
JASPAR                
jPREdictor                
MAPPER                
MATBASE                
MATINSPECTOR              
MoD: MOTIF DISCOVERY            
MOTIFVIZ                
ORegAnno: OPEN REGULATORY ANNOTATION DATABASE        
PAZAR                
PLACE: PLANT CIS-ACTING REGULATORY DNA ELEMENTS        
ProteDNA                
RSAT: REGULATORY SEQUENCE ANALYSIS TOOLS        
rVISTA                 
SeqVISTA                
TARGET EXPLORER              
TESS: TRANSCRIPTION ELEMENT SEARCH SYSTEM        
TFBScluster              
TFSEARCH                
TOUCAN 2                
TRACTOR DB              
TRANSCompel®              
TRANSFAC®              
TRANSPATH®              
TRANSTERM              
TRAWLER                
TRED: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY ELEMENT DATABASE      
TrSDB                
VOMBAT                
YMF                
ZINC FINGER TOOLS              
Transcription Promoter Sites            
                 
ANNOTATIONS (OF TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES WITHIN ORTHOLOGOUS PROMOTERS)
BKL Transfac®              
ChromDB                
CMA: COMPOSITE MODULE ANALYST          
COREPROMOTER FINDER (CSHL)            
CREB TARGET GENE DATABASE            
CSHLmpd: COLD SPRING HARBOR LABORATORY MAMMALIAN PROMOTER DATABASE  
dbQSNP                
DBTSS: DATABASE OF TRANSCRIPTION START SITES        
EPD: EUKARYOTIC PROMOTER DATABASE          
GENE2PROMOTER              
GenomeTraFac              
LSPD: LIVER SPECIFIC GENE PROMOTER DATABASE (CSHL)        
NEURAL NETWORK PROMOTER PREDICTION          
NPRD: NUCLEOSOME POSITIONING REGION DATABASE        
PlantPromDB              
PLEIADES PROMOTER PROJECT            
PromEC                
PROMOSER              
PROMOTER SCAN              
PromoterSweep              
PSCAN                
S/MARt DB™               
Vector Maps              
                 
CIRDNA                
GENE INSPECTOR              
IRESite                
LINDNA                
PlasMapper              
PlasmID: PLASMID INFORMATION DATABASE          
VECSCREEN (UNIVEC DATABASE)            
VECTOR db              
VECTOR MAPS (AGILENT)            
VECTORDESIGNER™ (INVITROGEN)            
VECTORS (PROMEGA)              
VECTORS (RZPD)              
Genomic Resources
Bioinformatics              
                 
Arena3D                
ARGO GENOME BROWSER            
AutoClass@IJM              
BiNA: BIOLOGICAL NETWORK ANALYZER          
BioCocoa                
BIOCONDUCTOR              
BioGRID: BIOLOGICAL GENERAL REPOSITORY FOR INTERACTION DATASETS    
BioLayout EXPRESS 3D              
BIOLOGICAL NETWORKS INTEGRATED RESEARCH ENVIRONMENT      
BiOMART                
BIOMOBY                
BIOMODELS DATABASE (EMBL-EBI)            
BIOMODELS.NET              
BIOPATHWAYS CONSORTIUM            
BioPAX: BIOLOGICAL PATHWAYS EXCHANGE          
BIOPERL PROJECT              
BIOPORTAL              
BIOPYTHON PROJECT              
BioTapestry              
BioUML- OPEN SOURCE JAVA FRAMEWORK FOR SYSTEMS BIOLOGY      
BMC BIOINFORMATICS              
CALEYDO                
CELLCIRCUITS              
CELLDESIGNER™              
CellML MODEL REPOSITORY            
CellML TOOLs              
COLLEXIS®                
CVTree: COMPOSITION VECTOR PHYLOGENETIC ANALYSIS        
CYTOSCAPE              
DAS: DISTRIBUTED ANNOTATION SYSTEM          
DAVID: DATABASE FOR ANNOTATION, VISUALIZATION AND INTEGRATED DISCOVERY  
E-CELL                
EBI: EUROPEAN BIOINFORMATICS INSTITUTE          
EDINBURGH PATHWAY EDITOR            
ENCODE: ENCYCLOPEDIA OF DNA ELEMENTS (NHGRI)        
ENTREZ GENE (NCBI)              
FGED: FUNCTIONAL GENOMICS DATA SOCIETY          
GENDOO: GENE DISEASE FEATURES ONTOLOGY-BASED OVERVIEW       
GeneAssist™ (APPLIED BIOSYSTEMS)          
GENESPRING™              
GENeVis                
GenMAPP                
GEO: GENE EXPRESSION OMNIBUS (NCBI)          
GO: GENE ONTOLOGY CONSORTIUM          
ImageWeb                
INGENUITY PATHWAYS ANALYSIS            
INOH: INTEGRATING NETWORK OBJECTS WITH HIERARCHIES      
ISB: INSTITUTE FOR SYSTEMS BIOLOGY          
J. CRAIG VENTER INSTITUTE SOFTWARE TOOLS          
JWS ONLINE CELLULAR SYSTEMS MODELING          
MGI GLOSSARY              
MICROARRAY DATA ANALYSIS BIBLIOGRAPHY          
MICROARRAY PROJECT (NHGRI)            
MICROBIAL METAGENOMICS BIOINFORMATICS STRATEGY        
MiGenAS: INTEGRATED GENE ANALYSIS SYSTEM        
MIRIAM: MINIMAL INFORMATION REQUESTED IN THE ANNOTATION OF BIOCHEMICAL MODELS   
myGRID                
NAViGaTOR: NETWORK ANALYSIS VISUALIZATION AND GRAPHING TORONTO    
Nbrowse                
ODE: ONTOLOGICAL DISCOVERY ENVIRONMENT        
OLS: ONTOLOGY LOOKUP SERVICE            
OMNIGENE              
ONDEX                
OPENHELIX BIOINFORMATICS TRAINING          
OSPREY                
OWL: ONTOLOGY WEB LANGUAGE            
PATTERN DISCOVERY GROUP (IBM)            
PHOG: PHYLOFACTS ORTHOLOGY GROUP)          
PosMed: POSITIONAL MEDLINE            
PyNN: PYTHON NEURAL NETWORK MODELS          
SAGEmap (NCBI)              
SBGN: SYSTEMS BIOLOGY GRAPHIC NOTATION          
SBML SOFTWARE MATRIX            
SBML: SYSTEMS BIOLOGY MARKUP LANGUAGE          
SENT: SEMANTIC FEATURES IN TEXT            
SEQUENCE ANALYSIS WITH DISTRIBUTED RESOURCES (AN ONLINE COURSE)    
SYSTEMS BIOLOGY WORKBENCH            
TAVERNA                 
Tulip                
VANTED: VISUALIZATION AND ANALYSIS OF NETWORKS CONTAINING EXPERIMENTAL DATA  
visANT                
WEBCELL                
WhichGenes              
yED                
Clone Collections               
                 
CLONERANGER™               
CLONES (ATCC)              
DNASU PLASMID REPOSITORY            
GENESERVICE              
I.M.A.G.E. CONSORTIUM: iNTEGRATED MOLECULAR ANALYSIS OF GENOMES AND THEIR EXPRESSION
imaGenes                
INVITROGEN CLONES              
LINNEA™ GENES              
MGC: MAMMALIAN GENE COLLECTION          
OPEN BIOSYSTEMS              
ORFEXPRESS™              
ULTIMATE™ ORF BROWSER            
Coparative Genomics              
                 
3D-GENOMICS              
ARCHAEAL GENOME BROWSER (UCSC)          
BBID: BIOLOGICAL BIOCHEMICAL IMAGE DATABASE        
CHAOS+DIALIGN              
CIRCOS                
CMR: COMPREHENSIVE MICROBIAL RESOURCE (TIGR)        
CORG: COMPARATIVE REGULATORY GENOMICS        
CVTree: COMPOSITION VECTOR TREE          
DATABASE OF ORTHOLOGOUS GROUPS          
DEG:DATABASE OF ESSENTIAL GENES          
e-PROTEIN                
ECR BROWSER: EVOLUTIONARY CONSERVED REGIONS        
eggNOG: EVOLUTIONARY GENEALOGY OF GENES--NON-SUPERVISED ORTHOLOGOUS GROUPS  
EGO: EUKARYOTIC GENE ORTHOLOGUES          
EPGD: EUKARYOTIC PARALOG GROUP DATABASE        
ERGO™ (INTEGRATED GENOMICS)            
eSHADOW: EVOLUTIONARY PHYLOGENETIC SHADOWING OF CLOSELY RELATED SPECIES (LLNL)  
FOOTPRINTER MANUAL            
FUSIONDB                
GATA: GRAPHIC ALIGNMENT TOOL FOR COMPARATIVE SEQUENCE ANALYSIS    
GENE INDEX PROJECT              
GeneNest                
GENETIC ANALYSIS SOFTWARE            
GENOMES (EBI)              
GENOMES FASTA              
GESBAP: GENE SET BASED ANALYSIS OF POLYMORPHISMS        
GIB: GENOME INFORMATION BROKER (DDBJ)          
HGT-DB: HORIZONTAL GENE TRANSFER DATABASE        
HOMOLOGENE              
ICCARE: INTERSPECIFIC COMPARATIVE CLUSTERING AND ANNOTATION FOR EST    
ICDS: INTERRUPTED CODING SEQUENCE DATABASE        
IMG: INTEGRATED MICROBIAL GENOMES          
InParanoid: EUKARYOTIC ORTHOLOG GROUPS          
INTEGR8 (EMBL-EBI)              
INTEROLOG/ REGULOG DATABASE            
KALIGN                
MaM: MULTIPLE ALIGNMENT MANIPULATOR          
MANET: MOLECULAR ANCESTRY NETWORK          
MBGD: MICROBIAL GENOME DATABASE          
MEDEA (COMPARATIVE GENOMIC VISUALIZATION WITH ADOBE FLASH)      
MEGA: MOLECULAR EVOLUTIONARY GENETICS ANALYSIS        
MG-RAST: META GENOME RAPID ANNOTATION USING SUBSYSTEM TECHNOLOGY    
MICROBIAL GENOME DATABASE FOR COMPARATIVE ANALYSIS      
MICROFOOTPRINTER              
MizBee: A MULTISCALE SYNTENY BROWSER          
MrBayes                
MULAN (LLNL)              
NCBI TAXONOMY              
ODB: OPERON DATABASE            
OMICBROWSE (RIKEN)              
OPTIC: ORTHOLOGOUS AND PARALOGOUS TRANSCRIPTS IN CLADES      
ORTHOMCL DB              
PANDIT: PROTEIN AND ASSOCIATED NUCLEOTIDE DOMAINS WITH INFERRED TREES    
PANTHER: PROTEIN ANALYSIS THROUGH EVOLUTIONARY RELATIONSHIPS    
PAUP: PHYLOGENETIC ANALYSIS USING PARSIMONY        
PEDANT DATABASE               
PHENOMICDB              
PHOG: PHYLOFACTS ORTHOLOGY GROUP          
PHYDBAC: PHYLOGENOMIC DISPLAY OF BACTERIAL GENES        
PHYLIP                
PHYLOMEDB              
PHYLOPARS              
PHYML                
POPSET (NCBI)              
POWER: PHYLOGENETIC WEB REPEATER          
PROLINKS                
SPLITSTREE: ANALYZING AND VISUALIZING EVOLUTIONARY DATA      
SPRING: SORTING PERMUTATION BY REVERSALS AND BLOCK INTERCHANGES    
SUPERFAMILY              
SVC: STRUCTURED VISUALIZATION OF EVOLUTIONARY CONSERVED SEQUENCES    
SYBIL (TIGR)              
SynView                
TAED: THE ADAPTIVE EVOLUTION DATABASE          
TAXONOMY BROWSER (NCBI)            
THE SEED                
TREE OF LIFE              
TREEBASE                
TREEFAM                
VISTA SERVERS              
xBASE                
Drosophila Genome              
                 
BDGP GOLD cDNA COLLECTION            
BLAST Drosophila SEQUENCES            
Drosophila GENOME RESOURCES (NCBI)          
Drosophila MICROARRAY CENTRE            
Drosophila POLYMORPHISM DATABASE          
Drosophila RNAi SCREENING CENTER          
FLIGHT                
FLYBASE: A DATABASE OF Drosophila GENES AND GENOMES      
FLYBRAIN                
FLYMOVE                
FlyTF: FLY TRANSCRIPTION FACTORS          
FLYTRAP                
FLYVIEW                
GenomeRNAi              
REDfly: REGULATORY ELEMENT DATABASE FOR DROSOPHILA      
THE INTERACTIVE FLY              
Fish Genomes              
                 
FISHSCOPE              
MEDAKAFISH HOMEPAGE            
ZEBRAFISH GENOME RESOURCES (NCBI)          
ZFIN: ZEBRAFISH INFORMATION RESOURCE NETWORK        
Fundamental Genomic Resources            
                 
ABySS-EXPLORER              
ANNO-J                
BAR CODE OF LIFE DATA SYSTEMS            
BIOCONDUCTOR              
BIOSAPIENS NETWORK              
CBOL: CONSORTIUM FOR THE BARCODE OF LIFE        
CLC GENOMICS MACHINE            
DATABASE OF GENOME SIZES            
DNASTAR®                
e-ENSEMBL (EBI)              
EBI TOOLBOX              
ECR BROWSER: EVOLUTIONARY CONSERVED REGIONS        
ENTREZ GENE              
ENTREZ GENOME              
GENETESTS              
GENOME CHANNEL              
GENOME GLOSSARY              
GENOME REVIEWS (EBI)            
GENOME WORKBENCH (NCBI)            
GENOMES AT THE EBI              
GenoViz                
GOLD™ Genomes Online Database            
HAWKEYE                
IGV: INTEGRATIVE GENOMICS VIEWER          
INSIGNIA                
NCBI DCODE.ORG COMPARATIVE GENOMICS           
NCBI SITE MAP              
SAMtools                
Fungal Genomes               
                 
BCCM: BELGIAN CO-ORDINATED COLLECTIONS OF MICRO-ORGANISMS      
CADRE: CENTRAL Aspergillus DATA REPOSITORY        
CANDIDADB              
CGD: Candida GENOME DATABASE            
ChromatinDB              
DRYGIN:DATA REPOSITORY OF YEAST GENETIC INTERACTIONS      
FUGOID: FUNCTIONAL GENOMICS OF ORGANELLAR INTRONS DATABASE    
FUNGAL GENETICS STOCK CENTER            
FUNGAL GENOMES BLAST            
GENOLEVURES              
MYCORWEB              
Neurospora HOME PAGE            
OGD: OOMYCETE GENOMICS DATABASE (NCGR)        
ORIDB: REPLICATION ORIGINS DATABASE          
PHI-BASE: PATHOGEN HOST INTERACTIONS          
PHYTOPATHIC FUNGI DATABASE            
PROPHECY: PROFILING PHENOTYPIC CHARACTERISTICS IN YEAST      
Saccharomyces cerevisiae GENOME SNAPSHOT (SGD)        
SCPD: PROMOTER DATABASE OF Saccharomyces cerevisiae (CSHL)      
SGD: Saccharomyces GENOME DATABASE          
snoRNAs FROM Saccharomyces            
YEAST GENE ORDER BROWSER            
YEAST INTRON DATABASE            
YEAST RESOURCE CENTER            
YEASTRACT: YEAST SEARCH FOR TRANSCRIPTIONAL REGULATORS AND CONSENSUS TRACKING  
Gene Expression Databases            
                 
A-to-I RNA EDITING WEBSITE            
ARRAYEXPRESS (EBI)              
BASE: BioArray SOFTWARE ENVIRONMENT          
BioGPS (SYMATLAS)               
cDNA2Genome              
ChimerDB                
ChromatinDB              
cMAP: CONNECTIVITY MAP            
CORG: COMPARATIVE REGULATORY GENOMICS        
COXPRESDB: CO-EXPRESSED GENE DATABASE          
dbEST: EXPRESSED SEQUENCE TAGS DATABASE (NCBI)        
dbGAP: DATABASE OF GENOTYPE AND PHENOTYPE (NCBI)        
EUREXPRESS              
EXPANDER: EXpression Analyzer and DisplayER)        
fRNAdb                
G-QUADRUPLEX RESOURCE SITE            
GEMMA                
GENECODIS: GENE ANNOTATIONS CO-OCURRENCE DISCOVERY      
genepaint.org              
GenMAPP                
GEO: GENE EXPRESSION OMNIBUS            
GREGLIST: POTENTIAL G-QUADRUPLEX -REGULATED GENES LIST      
GSEA: GENE SET ENRICHMENT ANALYSIS          
GXD: GENE EXPRESSION DATABASE            
HHMD: HUMAN HISTONE MODIFICATION DATABASE        
HuGE: HUMAN GENE EXPRESSION INDEX          
HUGE: HUMAN UNIDENTIFIED GENE-ENCODED LARGE PROTEINS       
IMPRINTED GENE CATALOG            
IRESite                
LIFEdb: DATABASE FOR LOCALIZATION, INTERACTION, FUNCTIONAL ASSAYS AND EXPRESSION OF PROTEINS
MGI: MOUSE GENOME INFORMATICS (GENE EXPRESSION LITERATURE QUERY)    
MODEL MAKER (NCBI)              
MSigDB: MOLECULAR SIGNATURES DATABASE          
NATsDB: NATURAL ANTISENSE TRANSCRIPTS DATABASE        
NCBI DCODE.ORG COMPARATIVE GENOMICS DEVELOPMENTS       
ODE: ONTOLOGICAL DISCOVERY ENVIRONMENT        
PhenoGen INFORMATICS            
PolyA DB                
POMELLO II              
PROBEBASE              
PRODORIC: PROKARYOTIC DATABASE OF GENE REGULATION      
PSCAN                
QuadBase: QUADRUPLEX DATABASES          
RAD: RNA ABUNDANCE DATABASE            
READ: RIKEN EXPRESSION ARRAY DATABASE          
RECODE: A DATABASE OF TRANSLATIONAL RECODING EVENTS      
REDI DB: RNA EDITING DATABASE            
RELNET: RELEVANCE NETWORKS            
RNAdb: NONCODING RNAs            
SIDD: STRESS INDUCED DNA DUPLEX DESTABILIZATION        
SMD: STANFORD MICROARRY DATABASE          
SPLIGN (NCBI)              
SwissRegulon              
ToppGene SUITE              
UNIGENE                 
UTRdb                
VisHiC: VISUALIZATION OF HIERARCHICAL CLUSTERING        
WebGMAP              
Gene Symbols and Annotation            
                 
ARGH: BIOMEDICAL ACRONYM RESOLVER          
BABELOMICS              
BARCODE OF LIFE              
BASys: BACTERIAL ANNOTATION SYSTEM          
BioGPS                
BOLD: BAR CODE OF LIFE DATA SYSTEMS          
cDNA2Genome              
COFECO: COMPOSITE FUNCTION ANNOTATION ENRICHED BY PROTEIN COMPLEX DATA  
DAVID: DATABASE FOR ANNOTATION, VISUALIZATION AND INTEGRATED DISCOVERY  
e!ENSEMBL              
ECfunction: FUNCTIONAL ANNOTATION VIEWER        
ENTREZ GENE (NCBI)              
GenDB                
GENECODIS: GENE ANNOTATIONS CO-OCURRENCE DISCOVERY      
GO PaD: GENE ONTOLOGY PARTITION DATABASE        
GO: GENE ONTOLOGY              
GOA: GENE ONTOLOGY ANNOTATION (EMBL-EBI)        
GOblet                
GoGene                
GOPET                
GPSDB: GENE AND PROTEIN SYNONYM DATABASE        
GUIDELINES FOR HUMAN GENE NOMENCLATURE        
HARVARD GENE FUNCTIONAL ANNOTATION PREDICTION BROWSER      
HGNC: HUGO GENE NOMENCLATURE COMMITTEE        
HGNC: HUMAN GENE NOMENCLATURE SEARCH        
IPNI: INTERNATIONAL PLANT NAMES INDEX          
IUBMB NOMENCLATURE            
IUPAC NOMENCLATURE            
KLAM: KIM LAB ANNOTATION MAPPER          
MICHECK:MICROBIAL GENOME CHECKER          
MOLECULE PAGES (AfCS)            
MOUSE NOMENCLATURE            
PICR: PROTEIN IDENTIFIER CROSS-REFERENCE SERVICE        
PLANT ONTOLOGY DATABASE            
PROTEIN NAMING UTILITY            
REFSEQ (NCBI)              
TOPPGENE SUITE              
TROPICOS                
UMLSKS: UMLS KNOWLEDGE SOURCE SERVER          
VLAD: VisuaL Annotation Display            
WEGO: WEB GENE ONTOLOGY            
Genetic/Genomic databases            
                 
ACLAME: A CLASSIFICATION OF GENETIC MOBILE ELEMENTS      
ANAGE: ANIMAL AGEING DATABASE          
BUTTERFLY BASE: LEPIDOPTERA GENOMICS          
CGAP: CANCER GENOME ANATOMY PROJECT          
CPDL: CONSERVED PROPERTY DIFFERENCE LOCATOR        
EMBOSS ISOCHORE              
EUGENES                
GAN: GENE AGING NEXUS            
GC-PROFILE              
GENESNPs                
GENETIC ANALYSIS SOFTWARE            
GENOLIST                
GENOME SURVEY SEQUENCES            
GENOMES (EBI)              
HAPMAP PROJECT              
HEDGEHOG SIGNALING PATHWAY DATABASE          
HTG: HIGH-THROUGHPUT GENOMIC SEQUENCES        
KARYOTYPE DB              
KINASE.COM              
OMIA: ONLINE MENDELIAN INHERITANCE IN ANIMALS        
OMIM: ONLINE MENDELIAN INHERITANCE IN MAN        
RNASe P DATABASE              
SKY/M-FISH and CGH DATABASE: SPECTRAL KARYOTYPING/MULTIPLE FLUORESCENCE IN SITU and COMPARATIVE GENOMIC HYBRIDIZATION 
StellaBase                
TRANSPORTDB              
Microbial Genomes              
                 
AMIGENE: ANNOTATION OF MICROBIAL GENES          
BAGEL                
BCCM: BELGIAN CO-ORDINATED COLLECTIONS OF MICRO-ORGANISMS      
BioBIKE: BIOLOGICAL INTEGRATED KNOWLEDGE ENVIRONMENT      
CABRI HYPERCATALOG              
CAMERA: COMMUNITY CYBERINFRASTRUCTURE FOR ADVANCED MARINE MICROBIAL ECOLOGY RESEARCH AND ANALYSIS
CGSC DB WEB SERVER              
CMR: COMPREHENSIVE MICROBIAL RESOURCE (TIGR)        
COMPLETE MICROBIAL GENOMES (NCBI ENTREZ GENOME PROJECT)      
CYANOBASE              
DNA STRUCTURAL ATLAS OF Escherichi coli           
ECDC: E.coli DATABASE COLLECTION          
ECOWEB                
EnteriX                
FOCUS ON METAGENOMICS (NATURE)          
GENETREES              
GENPROTEC: E.coli GENOME AND PROTEOME DATABASE        
HGT-DB: HORIZONTAL GENE TRANSFER DATABASE        
IMG: INTEGRATED MICROBIAL GENOMES          
IMG: INTEGRATED MICROBIAL GENOMES          
INSIGNIA                
IS FINDER: INSERTION SEQUENCES DATABASE          
LPSN: LIST OF PROKARYOTIC NAMES WITH STANDING IN NOMENCLATURE    
MBGD: MICROBIAL GENOME DATABASE FOR COMPARATIVE ANALYSIS      
megx.net: MARINE ECOLOGICAL GENOMICS          
MetaBioME: METAGENOMIC BIOMINING ENGINE        
MG-RAST: META GENOME RAPID ANNOTATION USING SUBSYSTEM TECHNOLOGY    
MICROBE BROWSER              
MICROBES ONLINE              
MICROSCOPE: MICROBIAL GENOMES ANNOTATION AND COMPARATIVE ANALYSIS PLATFORM  
MiST: MICROBIAL SIGNAL TRANSDUCTION DATABASE        
NCCB: NETHERLANDS CULTURE COLLECTION OF BACTERIA        
ORPHELIA                
PEDANT (MIPS)              
PHYDBAC: PHYLOGENOMIC DISPLAY OF BACTERIAL GENES        
PRODORIC®: PROKARYOTIC DATABASE OF GENE REGULATION      
PROTISA: TRANSLATION INITIATION SITE ANNOTATION IN PROKARYOTIC ORGANISMS  
PSORTdb                
QIIME: QUANTITATIVE INSIGHTS INTO MICROBIAL ECOLOGY      
REGTRANSBASE              
SUBTILIST WWW SERVER            
xBASE                
Mouse and Rat Genomes            
                 
FANTOM: FUNCTIONAL ANNOTATION OF MOUSE        
IMSR: INTERNATIONAL MOUSE STRAIN RESOURCE        
MGI: MOUSE GENOME INFORMATICS          
Ensemble Mouse              
MOUSE GENOME RESOURCES (NCBI)          
MOUSE NOMENCLATURE HOME PAGE (MGI)          
MOUSE TAXONOMY (NCBI)            
MOUSE UNIGENE SEQUENCES            
MPD: MOUSE PHENOME DATABASE          
RAT GENOME BROWSER (ENSEMBL)          
RAT GENOME RESOURCES (NCBI)            
RATMAP: THE RAT GENOME DATABASE          
RGD: RAT GENOME DATABASE            
Multi-level Analysis              
                 
dbGaP: GENOTYPE AND PHENOTYPE (NCBI)          
E-CELL PROJECT              
EMAP: EDINBURGH MOUSE ATLAS PROJECT          
GENECARDS              
OmicBrowse (RIKEN)              
KEGG: KYOTO ENCYCLOPEDIA OF GENES AND GENOMES        
MONOD: MODELER’S NOTEBOOK AND DATASTORE        
VIRTUAL CELL MODELING AND SIMULATION FRAMEWORK        
Nematode Genome              
                 
Caenorhabditis elegans WWW Server          
Caenorhabditis Genome Sequencing Projects          
CENTER FOR C.elegans ANATOMY            
NEMATODE.NET              
WORMATLAS              
WORMBASE LITERATURE SEARCH            
Organelle Genomes              
                 
Arabidopsis MITOCHONDRIAL PROTEOME PROJECT        
COMPLETE ORGANELLE GENOMES            
FMGP: FUNGAL MITOCHONDRIAL GENOME PROJECT        
FUGOID: FUNCTIONAL GENOMICS OF ORGANELLAR INTRONS DATABASE    
GenDEcoder              
GOBASE                
MiGENES DATABASE              
MITODAT: MENDELIAN INHERITANCE AND THE MITOCHONDRION      
MITOMAP: HUMAN MITOCHONDRIAL GENOME DATABASE        
MITOP: MITOCHONDRIAL PROTEOME          
MITOPROT                
MitoProteome Database            
mtDB: HUMAN MITOCHONDRIAL GENOME DATABASE        
OGMP: ORGANELLE GENOME MEGASEQUENCING PROGRAM      
ORGANELLE GENOMES RESOURCES (NCBI)          
ORGANELLEDB: DATABASE OF ORGANELLES AND PROTEIN COMPLEXES      
PEROXISOMEDB              
RNA EDITING WEB SITE              
SubMito                
Plant Genomes              
                 
AGBASE                
Arabidopsis thaliana SMALL RNA PROJECT          
ARABINET: Arabidopis INFORMATION ON THE WWW        
AraCyc                
AthaMap                
ATIDB: Arabidopsis thaliana INTEGRATED DATABASE        
AtNoPDB: Arabidopsis NUCLEOLAR PROTEIN DATABASE        
ATTED: Arabidopis thaliana TRANS-FACTOR AND CIS-ELEMENT PREDICTION DATABASE  
BARLEY GENOME (NCBI)            
BARLEY MUTANTS              
BARLEY SNP              
BARLEYBASE              
BIOACTIVE NUTRIENT EXPLORER            
COMPARATIVE ANALYSIS OF LEGUME GENOMES        
CR-EST: CROP ESTs              
DENDROME: FOREST TREE GENOME DATABASE          
FLAGdb++                
GERMINATE              
GRAINGENES              
GRAMENE                
GRAMENE PATHWAY              
IPLANT™ COLLABORATIVE            
IPNI: THE INTERNATIONAL PLANT NAMES INDEX        
KATANA: KAZUSA Arabidopis thaliana ANNOTATION ABSTRACT      
MAIZEGDB: MAIZE GENETICS AND GENOMICS DATABASE        
MICROBE BROWSER              
NASC: EUROPEAN Arabidopsis STOCK CENTRE          
NETPLANTGENE SERVER            
NewCROP™              
PathoPlant®              
PLAN2L: PLANT ANNOTATION TO LITERATURE          
PLANT BIOINFORMATICS PORTAL            
PLANT DNA C-insert into btk_08_data           
PLANT GENOME RESOURCES CENTER          
PLANT GENOMES CENTRAL (NCBI)            
PLANT GENOMES QUERY (NCBI)            
PLANT MPSS DATABASES            
PLANT snoRNA DATABASE            
PlantCARE: Cis-ACTING REGULATORY ELEMENT          
PlantGDB: PLANT GENOME DATABASE          
PLANTMARKERS              
PlantsP: FUNCTIONAL GENOMICS OF PLANT PHOSPHORYLATION      
PlantsT: FUNCTIONAL GENOMICS OF PLANT TRANSPORTERS      
PlnTFDB: PLANT TRANSCRIPTION FACTOR DATABASE        
PMRD: PLANT MICRORNA DATABASE          
POGs/PlantRBP: PUTATIVE ORTHOLOGOUS GROUPS/PLANT RNA BINDING PROTEIN DATABASE  
POMAMO                
PREP SUITE: PREDICTIVE RNA EDITORS FOR PLANTS        
PRG: PLANT RESISTANCE GENES            
RARGE: RIKEN Arabidopsis GENOME ENCYCLOPEDIA        
RICE ANNOTATION DATABASE            
RIKEN Arabidopis TRANSCRIPTION FACTOR DATABASE        
SALAD DATABASE              
SIGnAL: SALK INSTITUTE GENOMIC ANALYSIS LABORATORY        
SOYBASE                
TAED: THE ADAPTIVE EVOLUTION DATABASE          
TAIR: THE Arabidopsis INFORMATION RESOURCE        
TIGR Arabidopsis thaliana Database          
TIGR PLANT REPEAT DATABASE            
TropGENE                
UK CROPNET BIOINFORMATICS NETWORK          
WhoGA: WHOLE GENOME ANNOTATION          
Viral Genomes              
                 
BIG PICTURE BOOK OF VIRUSES            
HIV DATABASES              
HIV DRUG RESISTANCE DATABASE            
ICTVdB PICTURE GALLERY            
INFLUENZA SEQUENCE DATABASE             
INFLUENZA VIRUS RESOURCE (NCBI)          
PLANT VIRUSES (CABRI CATALOG)            
RETROVIRUSES (NCBI)              
SUBVIRAL RNA DATABASE            
VIROLIGO                
Basic Plug-in by Subio Inc.            
                 
Normalization              
Filtering                
Find Similar Pattern              
Differential Expression              
ANOVA                
Clustering                
PCA                
National Animal Genome Research Program          
                 
Animal QTLdb              
Animal GBrowse Tracks            
Biomart for livestock              
NAGRP Blast Server              
VCmap                
NAGRP Bioinformatics Tool Box            
Data Repository              
Software Repository              
Genome browser              
Nucleotide sequence database            
                 
International Nucleotide Sequence database collaboration      
DDBJ - DNA data bank of Japan            
EBI Biosample Database            
EBI patent sequence              
European Genome-phenome archive (EGA)          
European Nucleotide Archive            
Genbank                
NCBI BioSample/BioProject            
neXtProt                
The sequence Read Archive (SRA)            
Coding and non-coding DNA            
ACLAME - A Classification of Mobile genetic Elements        
AREsite                
Ciliate IES-MDS database            
CORG - A database for Comparative Regulatory Genomics        
CUTG - Codon Usage Tabulated from GenBank          
DiProDB                
ECRbase                
FREP                
Genetic Codes              
GISSD                
GyDB                
HumHot                
InSatDb                
Isfinder                
Islander                
L1Base                
MethDB                
MICdb - Database of Prokaryotic Microsatellites        
NGSmethDB              
NPRD - Nucleosome Positioning Region Database        
OriDB - The DNA Replication Origin Database          
PANDIT                
Patome                
Plant repeat database              
PolymiRTS                
PseudoGene              
RECODE                
RefSeq                
RegTransBase              
RetrOryza                
S/MARt DB              
SNPSTR                
STRBase                
Synthetic Gene Database            
TassDB                
TIGR Plant Transcript Assembly database          
TranspoGene              
TRDB                
Ucbase and miRfunc              
UgMicroSatdb              
UniVec                
UTRdb/UTRsite              
UTRome                
VectorDB                
VISTA Enhancer Browser            
Gene structure, introns and exons, splice sites        
ARTADEdb                
ASAP II                
ASDB - Alternative Splicing Database          
ASHESdb                
ASPicDB                
ASTD                
ChimerDB                
DBASS5/3                
Ecgene                
EDAS - EST-Derived Alternative Splicing Database        
EID: Exon-Intron Database            
ExInt                
ExtraTrain                
FESD - Functional Element SNPs Database          
FUGOID                
H-DBAS                
Hollywood              
HS3D - Homo Sapiens Splice Sites Database          
Intronerator              
ProSAS                
SpliceDB                
SpliceInfo                
SpliceNest                
U12DB                
Xpro                
Yeast Intron Database              
Transcriptional regulator sites and transcription factors        
3D-Footprint              
ABS                
ACTIVITY                
AGRIS - Arabidopsis Gene Regulatory Information Server        
AnimalTFDB              
ASPD                
Cancer Chromosomes              
cisRED                
CMGSDB                
CoryneRegNet              
COXPRESdb              
CTCF Binding site Database            
DBD                
DBTBS                
DoOP - Database of Orthologous Promoters          
DPInteract              
ECRbase                
EPD                
FlyFactorSurvey              
FlyTF                
GeneNet                
GenomeTraFac              
Greglist                
HTPSELEX                
JASPAR                
MachiBase                
MAPPER                
MPromDB                
ODB - Operon database            
ooTFD                
ORegAnno                
Osteo-Promoter Database            
PAZAR                
PLACE                
Plant Stress-Responsive Gene Catalog          
PlantCARE                
PlantProm              
PPDB: Plant Promoter Database            
PReMod                
PRODORIC                
PromEC                
ProTISA                
PTM-Switchboard              
QuadBase                
REDfly                
RegPrecise                
RegulonDB              
rSNP Guide              
ScerTF                
SCPD - Saccharomyces cerevisiae promotor database        
SELEXdb                
SKY/M-FISH and CGH              
SwissRegulon              
TcoF-DB                
Telomerase database              
TESS                
TiProD                
TRACTOR db              
TRANSCompel              
TRANSFAC                
TransfactomeDB              
TransmiR                
TRANSPATH              
Transterm                
TRED - Transcriptional Regulatory Element Database        
TRRD                
TrSDB                
UniPROBE                
VISTA Enhancer Browser            
WebGeSTer DB              
YEASTRACT              
YeTFaSCo                
RNA sequence databases            
                 
16S and 23S Ribosomal RNA Mutation Database        
3D rRNA modification maps            
5S Ribosomal RNA Database            
Aptamer Database              
ARED                
Argonaute                
BPS                
Cereal Small RNA Database            
CORG - A database for Comparative Regulatory Genomics        
Database for Bacterial Group II Introns          
dbRES                
deepBase                
doRiNA                
European rRNA database            
FlyRNAi                
fRNAdb                
Greengenes              
GRSDB                
GtRDB - Genomic tRNA Database            
HIV Sequence Database            
HuSiDa - Human siRNA database            
Intronerator              
IRESdb - the Internal Ribosome Entry Site Database        
IRESite                
ITS2                
IncRNAdb                
MeRNA                
mESAdb                
microRNA.org              
miR2Disease              
miRBase                
miRecords                
miREX                
miRGator                
miRGen                
miRNAMap              
miRNEST                
miROrtho                
miRTarBase              
MODOMICS              
NAPP                
NATsDB                
NCIR - Non-Canonical Interactions in RNA          
ncRNA database              
NONCODE                
NPInter                
NRED                
piRNABank              
Plant snoRNA DB              
PLMItRNA                
PmiRKB                
PolyA_DB                
PseudoBase              
REDIdb                
RepTar                
Rfam                
Ribomosal Database Project (RDP-II)          
RISSC - Ribosomal Internal Spacer Sequence Collection        
RNA FRABASE              
RNA Modification Database            
RNA SSTRAND              
RNAdb                
RNAi codex              
RNAJuncion              
SELEXdb                
SILVA: a comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data
siRecords                
siRNAdb                
Sno/scaRNAbase              
snoRNA-LBME-db              
sRNAMap                
SRPDB                
Starbase                
Subviral RNA Database              
TarBase                
The Small Subunit rRNA Modification Database        
The tmRNA website              
tmRDB                
tRNAdb                
tRNADB-CE              
UTRdb/UTRsite              
Vir-Mir db                
VIRsiRNAdb              
Yeast snoRNA Database            
Protein Sequence Databases            
                 
General Sequence Databases            
CharProtDB              
COMBREX                
EXProt                
MIPS resources              
NCBI Protein database              
PA-GOSUB                
Patome                
PIR - Protein Information Resource          
PRF                
RefSeq                
TCDB                
UniParc                
UniProt                
UniRef                
UniSave                
Protein properties              
Aaindex                
Binding DB              
CPLA                
Cybase                
dbPTM                
HHMD                
iProLINK                
KDBI                
MALISAM                
MegaMotifbase              
PDF - Protein Folding Database            
PIDD                
PINT                
PPD                
PPT-DB                
ProTherm                
PRTAD                
REFOLD                
TopFIND                
Protein Localization and targeting          
CentrosomeDB              
DBSubLoc - Database of protein Subcellular Localization        
eSLBI - eukaryotic Subcellular Localization database        
Interfil                
LOCATE                
LocDB                
MiCroKit                
MitoRes                
NESbase                
NLSdb                
NMPdb - Nuclear matrix associated proteins database        
NOPdb: Nucleolar Proteome Database          
NPD - Nuclear Protein Database            
Nuclear Receptor Resource            
NUREBASE                
NURSA                
OGRe - Organellar Genom Retrieval          
OPMdb                
PeroxisomeDB              
PSORTdb                
Secreted Protein Database            
SUBA                
THGS - Transmembrane Helices in Genome Sequences        
TMPad                
TopDB                
Transmembrane Protein DataBase            
Protein sequence motifs and active sites          
ASC - Active Sequence Collection            
Blocks                
CoC Central              
COMe - Co-Ordination of Metals etc.          
CoPS                
CSA - Catalytic Site Atlas            
eBLOCKS                
eF-site - Electrostatic surface of Functional site          
ELM                
FireDB                
InterPro                
MeMotif                
Metalloprotein Site Database            
MimoDB                
Minimotif Miner              
O-GLYCBASE              
PDBSite                
PHOSIDA                
Phospho3D              
PhosphoSItePlus              
PolyQ                
PRIDB                
PRINTS                
PROMISE                
ProRule                
PROSITE                
ProTeus                
SDR                
SitesBase                
SitEx                
SuperSite                
TMFunction              
Protein domain database; protein classification        
ADDA - A Domain Database            
BALiBASE                
Benchmark              
BIOZON                
CDD                
CluSTr                
COG - Clusters of Orthologous Groups of proteins        
DomIns - Database of Domain Insertions          
eggNOG                
EPGD                
EVEREST - Evolutionary Ensembles of Recurrent SegmenTs        
FunShift                
FusionDB                
Hits                
InterDom                
InterPro                
iProClass                
MulPSSM                
OMA                
OPTIC                
OrthoDB                
PairsDB                
PALI                
PANDIT                
PANTHER                
Pfam                
PhyloFacts              
PIRSF                
ProDom                
Protein Clusters              
Protein Segment Finder            
ProtoNet                
RBPDB                
SBASE                
SIMAP                
SISYPHUS                
SMART                
SUPFAM                
TCDB                
TIGRFAMs                
Databases of individual protein families          
ABCdb                
Aminoacyl-tRNA synthetase database          
Animal Toxin Database            
ARAMEMNON              
BANMOKI                
BYKdb                
CAZy                
ChromDB                
CLIPZ                
ConoServer              
cpnDB                
CREMOFAC              
CSDBase - Cold Shock Domain database          
CyMoBase                
DAnCER                
DB-PABP                
DCCP - Database of Copper-Chelating Proteins          
Death Domain database            
Defensins Knowledgebase            
Degradome Database              
DSD                
Endogenous GPCR List              
EROP-Moscow              
ESTHER                
FCP                
FUNPEP                
GPCR NaVa database              
GPCRDB                
gpDB - G-protein database            
Heme Protein Database            
Histome                
Histone Database              
HIV RT and Protease sequence database          
Homeobox Page              
Homeodomain Resource            
InBase                
Kinomer                
Knottin database              
Laminin Database              
LGICdb                
Lipase Engineering Database            
Lipid Maps              
LOX-DB                
MEROPS                
MIPModDB              
NORINE                
Nuclear Receptor Resource -            
NucleaRDB              
NUREBASE                
NURSA                
OKCAM                
Olfactory Receptor Database            
OMPdb                
Peptaibol                
Peroxibase              
PHYTOPROT              
PLANT-Pis                
PlantsP/PlantsT              
PlantTFDB                
PlantTribes              
PLPMDB                
Polbase                
PREX                
ProGlycProt              
ProLysED - Prokaryotic Lysis Enzymes Database        
ProRepeat                
Protein kinase resource            
REBASE                
Ribonuclease P Database            
RNA helicase Database              
RNRdb                
RPG - Ribosomal Protein Gene database          
RTKdb - Receptor Tyrosine Kinase database          
SDAP                
SelenoDB                
SENTRA                
SEVENS                
SRPDB                
SuperCYP                
SysZNF                
Telomerase database              
ThYme                
TransportDB              
TRIP                
UCSD - Nature Signaling Gateway Molecule Pages        
VKCDB - Voltage-gated K+ Channel Database          
Wnt Database              
ZiFDB                
Structure Databases              
                 
Small Molecules              
AANT - Amino Acid - Nucleotide interaction database        
BitterDB                
ChEBI - Chemical Entities of Biological In          
ChemBank                
ChemDB                
Crystallography Open Database            
CSD-Cambridge Structural Database          
DrugBank                
EDULISS                
FragmentStore              
Het-PDB Navi              
HIC-Up                
Klotho                
LIGAND                
MMsINC                
PDB-Ligand              
PubChem                
R.E.DD.B.                
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SuperDrug                
SuperNatural              
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CCSD - Complex Carbohydrate Structure Database (CarbBank)      
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Rfam                
RNA CoSSMos              
RNA FRABASE              
RNA SSTRAND              
RNAJunction              
SARS-CoV RNA SSS              
SCOR - Structural Classification Of RNA          
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BISC                
Brix                
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CADB - Conformational Angles DataBase of Proteins        
CAPS-DB                
CATH                
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ColiSNP                
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ConSurf-DB              
CPDB                
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DSMM - a database of Simulated Molecular Motions        
eF-site - Electrostatic surface of Functional site          
EMDataBank              
EzCatDB                
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MMDB                
ModBase                
MolMovDB - Database of Macromolecular Movements        
NRG-CING                
PASS2                
PCDB                
PCDDB                
PDB                
PDB-REPRDB              
PDBe                
PDBj                
PDBselect                
PDBsum                
PDB_TM                
PFD - Protein Folding Database            
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CryptoDB - Cryptosporidium database          
Diatom EST Database              
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Ensembl Genomes              
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